En 1519, les capitouls décident d’une réforme générale des archives pour améliorer leur conservation. En 1529, après cinq années de travaux les archives s’installent dans un nouvel édifice élevé sur l’emplacement de l’ancienne tour insalubre qui les abritait depuis plus d’un siècle. Le bâtiment, profondément remanié par Viollet-le-Duc au 19e siècle, est l’actuel Donjon.