Bertrand de L'Isle-Jourdain entreprend la reconstruction de la cathédrale dans le style gothique du nord de la France. Commencés par le chœur, les travaux qui entraînent la destruction progressive de l'ancienne nef romane (construite en 1073 grâce à l’évêque Isarn), furent interrompus au niveau du transept. La principale originalité de l'édifice est donc de présenter deux parties très distinctes: une partie romane (la nef et l'arrière de l'église) et une partie gothique (le chœur).